1996年 原生化工程学科改名为生物工程学院，生化工程学科被批准为上海市教育委员会重点学科1997年 在生化工程研究所和国家重点实验室的基础上，另成立国家生化工程技术研究中心上海1998年 在生物化学专业的基础上；学院设有3个系，开办3个本科专业1生物工程系含生物医药新工科中德联合生物工程2生物技术系含应用化学生物科学双学位3生物制药系含生物技术食品科学与工程食品质量与安全。

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华东理工大学生物工程学院主办国际会议“首届亚洲生物技术大会”Asian Congress on Biotechnology，2011“生物过程与生物系统工程国际学术研讨会” International Symposium on Bioprocess and Biosystems Engineering，2009。

华东理工大学生物工程学院的办学历史起源于1955年成立的抗生素制造工学专业1972年，上海科学技术大学生物系调入学校1982年，生物化学工程系成立1986年，食品科学与工程专业招生1996年，生物工程学院成立专业设置 截至2019。

此外，华东理工大学生物工程学院还拥有先进的的教学设施和优秀的师资力量，包括多个省部级重点实验室工程中心和科研团队，他们在生物工程领域有着丰富的研究经验和成果总之，华东理工大学的生物工程专业是一个非常优秀的专业。